过去的五年，我校改革与发展取得了令人瞩目的成就，也存在一些困难和问题。展望未来，我校发展既有机遇，也有挑战。莱阳农学院“十一五”发展战略规划主要从以下四个方面，阐述了学校发展所面临的主要挑战。
    1、两个校区分别隶属于两个不同的行政辖区，需要正确处理好相互之间的关系
    两校区办学是我校面对的基本事实，未来发展一方面需要充分利用青岛的区位优势，从青岛获得更多的政策与资源支持，并在青岛建设国际性大都市的进程中发挥应有的作用；另一方面学校也要充分珍惜在莱阳办学数十年间与烟台市、莱阳市所建立起来的传统联系，继续争取当地政府的理解和支持，充分利用莱阳校区的办学资源，继续坚持服务烟台、莱阳的办学传统。未来学校管理决策需要平衡多种双边关系，以利于两个校区的协同发展。
    2、有效地处理坚持农科的办学优势和传统与创建高水平综合性大学远期目标的关系，将涉及到多方面的利益和外部关系
    创建高水平综合性大学是我校发展的长远目标，但长期以来，我校主要发展农学及相关学科专业，形成了一定的办学优势和传统。由农学院发展成为多科性、综合性大学不是简单的更改校名，而是办学宗旨、办学类型的重大调整，是学科专业结构、教育教学、科学研究、社会服务的重大转变。要实现这一调整与转变，学校不但要付出长期的、艰巨的努力，而且必须争取政府和社会各方的广泛理解和支持。
    3、提高办学层次面临着激烈的外部竞争压力
    提高办学层次，争取获得博士授权单位资格，在部分学科专业获得博士学位授予权，是我校创建高水平大学的必由之路。未来几年，我校不仅将面对来自省内有关高校的激烈竞争，而且还可能受到有关政策的限制，这无疑将增加我们工作的难度。
    4、本科教学工作水平评估对我校改革与发展将产生重大影响
    2007年本科教学工作水平评估既是对我校本科办学实力的检验，又是对我校办学水平和发展能力的考验。学校应当以迎接本科教学工作水平评估为契机，制定明确的战略措施，全面贯彻落实“以评促改、以评促建、以评促管、评建结合、重在建设”的评估方针，切实做好迎评促建的各项工作，确保学校改革与发展目标的全面实现。
    这些挑战，既有学校自身发展过程必然经历的，也有我国高等教育快速发展的形势下带来的。内部和外部的挑战并存，对学校的发展就提出了更高的要求。这些挑战，也是对每一个莱农人提出来的。面对挑战，我们只有抓住机遇，团结一心，努力奋斗，才能为学校的发展创造更广阔的空间。