对一所学校而言，正确和清醒地认识发展道路上面临的困难是非常重要的。错误地估计形势所导致的盲目乐观就可能会带来更大的损失，从而错过良好的发展机遇。在莱阳农学院“十一五”发展战略规划中，从八个方面详细阐述了学校改革与发展面临的主要困难与问题。
    对于以下困难与问题，详细列举并不意味着畏缩不前，相反，清醒面对困难与问题，才能更好地制定解决办法，采取科学的方案，扬长避短，凝聚力量，走上良性的发展轨道。
    （一）创建高水平大学的思想文化底蕴不足，传统的管理思维定式制约着学校的发展
    学校的持续、健康发展，需要软件和硬件的支撑。尽管学校在办学规模、校区建设以及教学科研条件改善等方面已有了长足的发展，但是，大学教育思想与文化建设还没有引起应有的重视，封闭办学、安于现状、缺乏创新精神的问题仍然不同程度地存在；在学校改革和发展的过程中还存在着对外开放意识不强、干事创业意识不够、经营服务意识不浓、制度与规范意识不足等问题；学术氛围不够浓厚，官本位思想还具有相当大的影响，学术管理有待进一步健全和规范；科学管理、民主管理、依法管理的思想认识和工作落实还不到位，大学的管理理念还需要进一步确立，管理视野还需要进一步开阔。
    （二）研究生教育起步较晚，多数学科的科研定位和学术方向还不够明确，竞争力不足
    由于管理体制、申报周期和学位点名额等多种因素的限制，我校研究生教育发展、特别是进一步提升办学层次面临着较大的外部困难和较多的不确定因素。从学校自身来看，也存在着竞争力不足的问题。首先是研究生教育起步较晚，还没有形成一定的规模效应。目前研究生数量还不及在校生总数的2.5%；其次是在国内有较大影响力的学科数量较少，多数学科的科研定位和学术方向还不够明确；第三，近几年发展起来的非农学科师资队伍和科研力量较弱，还没有形成应有的竞争力。
    （三）科研力量不强，发展不够平衡，不利于创建高水平多科性大学
    就整体而言，学校的科研条件还很不足，特别是校内科研基地建设面临着很多困难；现有的科研场所与设备还没有发挥出最大的效益。部分教师的科研意识淡薄，特别是在组建学术团队或研究中心方面做得还不够。各个学院的科研条件、科研力量与科研水平差别悬殊，优势学科与专业、绝大多数的硕士学位点、重大科研项目与科研成果、有影响的学术带头人主要集中在园艺、植保、植科、动科、资源与环境、食品、生命科学等7个学院。科研整体实力不强的状况以及学院之间发展的不平衡势必会影响创建高水平多科性大学的进程。
    （四）师资总量不足，新进教师比重较大，师资队伍建设任务繁重
    与学校发展规模相比，我校师资总量仍然不足，一些新建学院和新建专业师生比较高，师资缺口较大，教师教学工作任务较为繁重。近5年新进教师人数较多，且多数为没有教学经验的年轻教师，教学和科研水平都亟待提高，教师在职培训培养的任务很重。具有较大学术影响和较强团队组织能力的中青年学科带头人匮乏。部分学院和学科的师资队伍整体素质较好，但学术竞争力不强，学术产出数量不多、水平不高。
    （五）学校应更加注重提高教育质量，科学处理规模、质量、结构、效益之间的关系
    “十五”期间，学校规模增长较快，办学条件也得到较大改善，但是，受学校现有办学条件制约，继续扩大办学规模将会承受较大的内外压力。加强内涵建设，以质量求发展是我校的必然选择，全校对提高办学层次和教育质量的愿望十分强烈。另一方面，没有规模的适度扩大，学校将面临较大的资金压力，而继续扩大办学规模会对提高办学层次和教育质量带来更大的难度。如何处理好提高教育质量和增强办学效益间的关系，是我们需要认真面对和解决的重要问题。
    （六）两地办学，形成优势互补的跨地区办学格局还存在不少实际困难
    莱阳校区和青岛校区各有优势，两个校区的功能定位与资源配置应达到优势互补。青岛校区面临着新建校内实习与实践教学基地的实际困难，而莱阳校区既有的实践教学基础和有利的地缘优势可以弥补青岛校区的不足。但由于多方面的限制因素，青岛校区与莱阳校区优势互补的理想办学格局还没有完全形成。怎样使莱阳校区既能满足学校相关学科专业实习与科研的需要，又能充分发挥其教育资源的效益，是我们面临的现实课题。
    （七）学校内部管理改革有待进一步深化
    学校内部管理仍然存在着许多不完善的地方，主要表现在三个方面：一是权力的集中化、行政化倾向较为明显，学校学术管理中普通教师参与不够，教师参与校院各级管理的渠道有限，基层的管理权力较小，不利于发挥其主动性与积极性；二是校内津贴分配向教师倾斜还不够充分，对学科带头人与学术骨干的激励作用不够明显；三是管理机制陈旧，与学校改革与发展的实际需要不相适应，办学资源闲置与浪费现象还不同程度地存在。
    （八）对外学术交流和开放办学有待加强，与新的办学环境相协调的办学氛围和沟通、利用机制还没有形成
    随着青岛校区的建设和办学主体向青岛的转移，我校对外学术交流呈现出较快增长的势头，但举办、承办的学术会议仍然较少，外出参加学术会议的人数仍然不多，而且覆盖面较小。在外聘兼职教师、联合开展高学历教育、国际合作办学、承接横向科研课题等方面也存在明显的不足。这反映出我校办学思想观念还不够开放，经费投入和管理手段跟不上学术交流和开放办学的要求。在主动融入青岛经济社会发展方面尽管取得了一定的成效，但还没有形成系统的思路和有效的机制。青岛市的地缘优势和对外联系的便利条件还没有得到充分的利用，没有形成与新的办学环境相适应的办学氛围。