近日，青岛农业大学海洋科学与工程学院水产寄生虫病与资源微生物团队在Scientific Data上发表题为“Chromosomal-level genome assembly of Trypanosoma carassii, the etiologic agent of a recent outbreak of trypanosomiasis in cage-cultured large yellow croaker (Larimichthys crocea) in China”的研究论文，首次完成了鲫锥虫（Trypanosoma carassii）大黄鱼分离株染色体水平的基因组组装与解析，是全球首份水生锥虫高质量参考基因组，将为近年来危害严重的养殖鱼类锥虫病防控提供了关键数据支撑。

锥虫是一类单细胞人畜共患寄生血鞭毛虫，可引发严重锥虫病。2023年9月，中国东南沿海（福建和浙江）网箱养殖大黄鱼（Larimichthys crocea）暴发的锥虫病导致鱼群日死亡率最高可达种群总量的1%，感染70天内的累计死亡率接近60%。团队与中山大学赖德华教授团队合作首先通过形态比较、分子标记测序和感染试验证实了其致病原为鲫锥虫（Trypanosoma carassii），鉴于其出现了一定的遗传分化，将其命名为鲫锥虫大黄鱼分离株（T. c. larimichthys）。目前，全球锥虫基因组研究多集中于陆生哺乳动物与医学相关物种，水生锥虫基因组数据长期处于空白状态，极大制约了深入开展病原的进化机制、宿主适应策略及病害防控技术等相关研究。

本研究依托PacBio HiFi长读长测序与Hi-C染色质构象捕获技术，构建了首个染色体水平的水生锥虫基因组。其基因组大小为48.55 Mb，包含34条染色体与9条scaffold，染色体锚定率为98.08%，GC含量为45.33%，contig N50与scaffold N50长度为139.15 Kb，BUSCO完整性达到100%，基因组质量达参考级水平。

基因组分析结果显示，重复序列占比53.29%，共注释11,584个蛋白编码基因，其中95.36%的基因（11,046个）得到了功能注释。同义替换率（Ks）分析表明，该基因组近期发生显著基因复制事件，可能存在全基因组复制（WGD），为解释其宿主适应性与环境耐受性提供了关键遗传线索。

鲫锥虫基因组的解析不仅为研究其跨海水-淡水生境适应、免疫逃逸、致病机制等奠定基础，也为大黄鱼等重要养殖鱼类锥虫病的快速检测、药物靶点筛选、疫苗开发与生态防控提供核心数据资源。团队博士生刘乃成为该论文第一作者，信召哲博士为通讯作者。该工作得到了国家重点研发计划（2025YFD2400300）和国家现代农业产业技术体系海水鱼体系寄生虫病防控岗位科学家（CARS-47）等项目的支持。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s41597-026-07366-1