在青岛农业大学第一次党代会上，校党委书记程玉海在工作报告中提出并确立了我校在新时期的办学指导思想、办学定位和今后五年的主要任务。

在新的时期，我校应坚持的办学指导思想是：高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，坚持社会主义办学方向，全面贯彻党的教育方针。坚持以德育为先、育人为本、人才培养质量为核心；以教学为中心、科研为先导、学科建设为龙头；以高水平师资队伍建设为关键；以深化校内改革为动力；以党的建设和思想政治工作为保证的办学方针。继续实施质量立校、特色兴校、人才强校三大战略。遵循高等教育发展规律，正确处理国家分类办学同我校发展战略之间的关系；正确处理大众教育与精英教育的关系；正确处理举办多科性大学与发展农业高等教育、发挥农业科技优势的关系，进一步推进人文社科类专业和学科的发展。以本科教育为基础，积极发展研究生教育，努力争取博士学位授予权。

应坚持的办学定位是：致力于建设一所学科专业结构更加合理，师资力量更加厚实，体制机制更加科学，校园文化先进，基础设施较为完备，农学学科优势突出，非农学科特色鲜明，多学科协调发展，在国内具有较大影响，综合办学水平居省属高校前列，立足半岛、服务山东、辐射全国，产学研紧密结合的，多科性、应用型、高水平的农业大学。成为支撑区域经济社会发展，推动现代农业产业转型升级，服务现代农业产业体系和“三农”发展的人才培养基地与科技研发与推广中心。

今后五年主要任务是：认真学习贯彻党的十八大和省第十次党代会精神，牢牢抓住国家建设高等教育强国和人力资源强国、转变经济发展方式、加大农业科技投入、推进农业现代化等重大历史机遇，牢牢抓住山东省建设应用型人才培养特色名校这一难得的机遇，紧紧围绕建设多科性、应用型、高水平农业大学的目标，继续发扬我校团结一心、艰苦创业，以及在困难中办学、在发展中克服困难的光荣传统和办学精神。在推动全面内涵发展的基础上，实现：教育教学质量和人才培养质量；科研水平、学科建设水平、重大项目、重大成果、高层次获奖；高层次师资队伍建设；国际化办学水平；办学条件、装备条件和公共服务体系；校内改革；大学文化建设；党的建设科学化水平等8个方面的重大突破。