经过“十五”期间的发展，我校学科专业建设取得了显著成绩，多科性大学的学科专业构架已基本形成，科学研究硕果累累，研究生教育得到了迅速发展。为了抓住机遇，全面实现学校改革与发展目标，根据学校“十一五”发展规划要求，结合学科专业建设的实际，特制定我校“十一五”学科专业建设发展规划。
　　一、学科专业建设的现状及问题
　　到“十五”末，全校共开设47个本科专业，覆盖农学、工学、理学、文学、管理学、经济学等6大学科门类，涉及到经济学、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、艺术、数学、化学、材料科学、生物科学、机械、电气信息、化工与制药、药学、土建、轻工纺织食品、生物工程、农业工程、植物生产、环境生态、环境科学、环境与安全、动物生产、动物医学、水产、工商管理、公共管理、农业经济管理等27个二级学科。学校具有一级学科硕士点4个（含12个二级学科硕士点）、二级学科硕士点17个、专业学位硕士点2个，学科范围覆盖农学、工学、管理学、理学等4大学科门类，分属于作物学、园艺学、植物保护学、兽医学、畜牧学、林学、生物学、农业工程、食品科学工程、农林经济管理等10个一级学科。学校拥有预防兽医学、动物遗传育种与繁殖、农药学等3个省级重点学科，拥有旱作技术、农业传播学、应用真菌3个省级重点实验室和现代农业质量与安全工程青岛市重点实验室，拥有1个山东省农业仿生应用工程技术研究中心。
　　与2000年以前相比，我校学科专业建设的成就是明显的；与同类院校相比，我校学科专业建设的步伐是比较快的。但是，与社会需要和广大师生员工的期望相比，与建设高水平综合性大学的远期发展目标相比，我校的学科专业建设还存在着较大的差距，面临着一些亟待解决的问题。
　　（一）有利于学科专业发展的良好氛围还不够浓厚
　　学科专业建设受到多种环境和条件的制约，学校名称、办学层次、生源质量、学生就业、科研条件、教师水平等都直接影响到学科专业建设的进程与成效。我校除传统农学学科外，学科专业发展的底子较薄、知名度不高。学校主体迁到青岛后，与学科专业发展密切相关的招生和师资引进的吸引力有所增强，但学科专业发展所需要的良好的内外环境和氛围还有待我们努力营造。
　　（二）研究生教育发展历史较短，增列博士学位授权单位面临诸多条件限制
　　1998年我校被批准为硕士学位授予单位，1999年开始招收研究生。截止到2005年底，我校在校研究生447名，研究生在校人数不及全校在校生总数的2.5%，不少硕士点还没有毕业生。整体而言，我校研究生教育还处在规范发展阶段。近年来国家对博士学位授予单位的审批越来越严格，增列博士学位授权单位面临较大困难，这对我校学科专业发展上层次上水平有着重大影响。
　　（三）知名学科与品牌专业较少，高水平学科带头人严重不足
　　尽管我校在作物栽培与耕作学、果树学、动物遗传育种与繁殖、植物病理、生物化学与分子生物学等学科领域具有一定的优势，有2名教师被评为省级拔尖人才，6名教师被评为省级有突出贡献的中青年专家，15名教师被确定为省级中青年学术骨干学科带头人，但就学校整体学科专业水平和竞争力而言，我校具有较高知名度的学科专业较少，在学术界有较大影响的学科带头人和学术骨干严重不足。
　　（四）多数本科专业创办的时间较短，学科专业建设的基础不够牢固
　　我校招生本科专业中有31个专业为2000年以后开办的，即65%以上的专业为新增专业。新设立的本科专业中有一部分是办得比较好的，基础条件也不错，但整体而言，新上专业的办学条件和办学水平尚存在一定差距，特别是新兴学科专业教师队伍的学历和职称层次偏低，教学工作压力较大。 
　　（五）部分学院学科专业建设的紧迫感不够，积极性不高
　　学校的优势学科与专业、绝大多数硕士学位点、代表性的科研项目与科研成果、对外较有影响的学术带头人主要集中在植物科技、园艺、植物保护、动物科技、资源与环境、食品科学与工程、生命科学等7个学院，这些学院在人才引进、实验室建设、科研资助等方面也有着明显的优势。其他一些学院因为受到自身学科专业发展水平的限制和学校相关政策等外部因素的影响，开展学科专业建设的紧迫感不强、积极性不高。